O filme relata a história de Hipásia de Alexandria que viveu entre os anos 355 e 415 da nossa era. Única personagem feminina do filme, ela ensina filosofia, matemática e astronomia na escola junto à famosa Biblioteca. Resultante de uma cultura iniciada com Alexandre Magno, passando depois pela dominação romana, Alexandria é agitada por ideais religiosos diversos: o cristianismo, que passou de religião intolerada para religião intolerante, convive com o judaísmo e a cultura greco-romana.Hipásia tem entre seus alunos Orestes, que a ama, sem ser correspondido, e Sinésius, adepto do cristianismo. Seu escravo Davus também a ama, secretamente. Hipásia não deseja casar-se, dedicando-se unicamente aos estudos [...] sua principal preocupação, no relato do filme, é com o movimento da terra em torno do sol.
Mediante os vários enfrentamentos entre cristãos, judeus e a cultura greco-romana, os cristãos se apoderam, aos poucos, da situação, e enquanto Orestes se torna prefeito e se mantém fiel ao seu amor, o ex-escravo Davus (que recebeu a alforria de Hipásia) se debate entre a fé cristã e a paixão. O líder cristão Cirilo domina a cidade e encontra na ligação entre Orestes e Hipásia o ponto de fragilidade do poder romano, iniciando uma campanha de enfraquecimento da influência de Hipásia sobre o prefeito, usando as escrituras sagradas para acusá-la de ateísmo e bruxaria.
